Под голой машиной понимается сервер с операционной системой (в данном случае Ubuntu 18.04.4 LTS) без какой-либо веб-панели управления (без ISPManager, cpanel, VestaCP etc).
Устанавливаем только веб-сервер nginx без Апача (именно так и устанавливается при инсталляции Ubuntu по умолчанию).
Устанавливаем php-fpm по инструкции (в файле конфиге виртуального хоста nginx скорее всего потребуется откорректировать путь к юникс-сокету, у меня он такой fastcgi_pass unix:/var/run/php/php7.2-fpm.sock; )
Создаем базу данных (инсталлируем mysql и создаем базу с придуманным нами именем)
Создаем пользователя и даем ему привилегии доступа к данной базе (параметр WITH GRANT OPTION, как я понял, может быть не нужен в зависимости от версии mysql, у меня он оказался не нужен)
Устанавливаем какую-нибудь CMS, например WordPress. (Для WP есть доп. инструкция)
Всё работает!